Został wzniesiony w II poł. XIX w. według projektu Henryka Marconiego. W czasie bombardowania Warszawy, we wrześniu 1939 r., kościół Wszystkich Świętych uległ poważnym zniszczeniom. Następnie został bardzo poważnie uszkodzony w czasie walk podczas powstania warszawskiego. W 2017 świątynia, jako pierwsza w Polsce, z inicjatywy społeczności żydowskiej otrzymała tytuł House of Life (pol. Dom Życia) przyznawany przez Międzynarodową Fundację Raoula Wallenberga.